Potwierdzono w niej nie tylko przeprowadzenie takiej operacji, lecz także „zaginięcie” 592 osób. Na tym etapie śledztwa zebrano też wiele relacji świadków, przeprowadzono kwerendy w archiwach i urzędach, jednak śledztwo w pewnym momencie przestało przynosić istotne wyniki i zostało zawieszone. Na nowo podjęła je w 2001 r. Prokuratura Okręgowa w Suwałkach i przekazała Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu Oddziału IPN w Białymstoku. Początkowo śledztwo było kwalifikowane jako zbrodnia komunistyczna, a od 2009 r. również jako zbrodnia przeciwko ludzkości.
W lipcu 2003 r., w marcu 2006 r. oraz w lipcu 2009 r. prokuratorzy zwracali się o pomoc prawną do Rosji. Strona rosyjska odpowiadała, że nie dysponuje nowymi informacjami w tej sprawie. Na kolejne pisma, które wysłano w 2011 r., udzieliła odpowiedzi, że „realizacja wskazanych wniosków nie wydaje się możliwa”. Zwracano się także do odpowiednich organów na Litwie i Białorusi. Prokuratura Generalna Republiki Litwy przysłała pewne kopie dokumentów, natomiast Generalna Prokuratura Republiki Białorusi odmówiła pomocy, wskazując, że jej udzielenie byłoby sprzeczne z podstawowymi zasadami prawnymi obowiązującymi na terytorium Białorusi. Władze nie wyraziły też zgody na prace archeologiczne w rejonie wsi Kalety i leśniczówki Giedź.
Prokuratorzy IPN podejmowali różne działania w kraju. Przesłuchali ok. 700 świadków, przeprowadzili kwerendy w archiwach. Zlecili również wykonanie badań i pozyskanie opinii w celu ustalenia, czy w rejonie wsi Kalety i nieistniejącej już leśniczówki Giedź mogą się znajdować jamy grobowe. Rezultatem współpracy z Biurem Poszukiwań i Identyfikacji IPN było odkrycie szczątków sierż. Wacława Sobolewskiego „Sęka”, który został schwytany przez Sowietów w lipcu 1945 r. i zastrzelony podczas próby ucieczki.
Przygotowując się do ewentualnego odkrycia szczątków ofiar, rozpoczęto gromadzenie materiału genetycznego od osób z nimi spokrewnionych. Wobec wyczerpania „inicjatywy dowodowej” prokurator IPN 30 września 2022 r. zawiesił śledztwo. Zastrzegł przy tym, że po ewentualnej zmianie stanowisk Rosji i Białorusi lub odkryciu nowych, istotnych dowodów postępowanie zostanie wznowione.
